分子蒸馏可得到纯净安全的产物，且操作工艺简单，设备少。分子蒸馏技术能分离常规蒸馏不易分离的物质，分子蒸馏装置必须保证体系压力达到的高真空度，对材料密封要求较高，且蒸发面和冷凝面之间的距离要适中，设备加工难度大，造价高。小型分子蒸馏设备的耗能小，由于分子蒸馏整个分离过热损失少，由于分子蒸馏装置特殊的结构形式，其内部的压强极低且内部阻力远比常规蒸馏小，因而可大大节省能耗。操作方便性高，节省人力操作。
小型分子蒸馏设备的工作流程：
物料从蒸发器的顶部加入，经转子上的料液分布器将其连续均匀地分布在加热面上，随即刮膜器将料液刮成一层极薄、呈湍流状的液膜，并以螺旋状向下推进。在此过程中，从加热面上逸出的轻分子，经过短的路线和几乎未经碰撞就到内置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通过位于蒸发器底部的出料管排出，残液即重分子在加热区下的圆形通道中收集，再通过侧面的出料管中流出。
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