短程分子蒸馏仪中当液体混合物沿着加热板流动并被加热时，轻分子和重分子将从液体表面逸出并进入气相，因为轻分子和轻分子的自由路径不同。因此，不同物质的分子在从液体表面逸出后移动不同的距离。如果适当设置冷凝板，轻分子到达冷凝板时将冷凝并排出，而重分子不会到达冷凝板并沿混合液体排出。
物料从短程分子蒸馏仪顶部添加，并通过转子上的料液分配器连续均匀地分布在加热表面上。然后，刮膜器将材料液体刮成非常薄的湍流液体膜，并以螺旋形状向下推动。在这一过程中，从受热面逸出的轻分子在内置冷凝器上通过短路径几乎无碰撞地冷凝成液体，然后沿冷凝器管向下流动，并通过底部的排放管排放；残余液体(即重分子)收集在加热区下方的圆形通道中，然后通过侧面的排放管流出。
短程分子蒸馏仪中的水温会升高，影响真空度。将排水软管连接到水源，溢流喷嘴用作排水口。适当控制自来水流量，防止水箱水温上升，稳定真空度。由于蒸发分子比空气分子重得多，并且大部分具有相同的运动方向，因此它们的碰撞对飞行方向和蒸发速度影响很小。料液通过转子上的料液分配器连续均匀地分布在加热表面上，然后刮膜器将料液刮成非常薄的湍流液膜，并以螺旋形状向下推进。
在这一过程中，从受热面逸出的轻分子将在内置冷凝器上通过短路径几乎无碰撞地冷凝成液体，然后沿冷凝器管向下流动，并通过蒸发器底部的排放管排放；残余液体(即重分子)收集在加热区下方的圆形通道中，然后通过侧面的排放管流出。
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