刮膜式分子蒸馏的方法蒸发效率高，但其结构复杂，真空密封困难，设备制造成本高。为了提高分离/效率，通常需要使用多级串联连接来实现不同物质的多级分离。气相和相之间可以形成相平衡；在分子蒸馏过程中，从蒸发表面逃逸的分子直接飞到冷凝表面，而不会与在中间的其他分子发生碰撞。
理论上，不可能返回蒸发表面。因此，分子蒸馏过程是不可逆的。单甘油酯分子从蒸馏液体表面蒸发并立即冷却以实现分离。未反应的甘油和单甘油酯可以通过分子蒸馏连续分离。
在刮膜分子蒸馏器中设置由硬质碳或聚四氟乙烯制成的旋转刮刀。刮刀不仅能充分搅拌下流液层，还能加速蒸发表面液层的更新，从而强化物料的传热传质过程。该液膜具有厚度小且沿蒸发表面流动的优点；蒸馏物料在操作温度下的停留时间短，热分解风险小，蒸馏过程可以连续进行，生产能力大。
控制加热温度并调整蒸馏速率，通常为每秒1-2滴。在整个蒸馏过程中，温度计的水银球上应始终有冷凝液滴。此时的温度是液体和蒸汽平衡时的温度，温度计的读数是液体(馏出物)的沸点。
刮膜式分子蒸馏加热的火焰不能太大，否则会导致蒸馏瓶颈部过热，使一些液体蒸汽直接被火焰加热，从而使温度计读数的沸点更高；另一方面，蒸馏不应进行得太慢，否则温度计上的沸点读数将很低或不标准，因为温度计的水银灯泡不能被蒸馏蒸汽*浸透。
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