在分子蒸馏设备中，部分蒸发的液相与部分冷凝的气相直接接触，以进行气液相传质。结果，气相中的硬挥发性组分被部分转移到液相，液相中的挥发性组分部分转移到气相，即，同时实现液相的部分蒸发和气相的部分冷凝。将液体置于封闭的真空系统中，液体分子继续溢出，在液体表面的上部形成蒸汽。
如果在加热前忘记添加助煮剂，则必须在添加前移除热源，并且液体只有在冷却到沸点以下后才能添加。如果沸腾在中间停止，在重新加热之前添加新的沸腾助剂。由于最初添加的沸腾助剂在加热时排出部分空气，在冷却时吸收液体，因此可能失败。液体的沸点将在蒸馏过程中逐渐升高，或者由于两种或更多种物质形成共沸混合物，因此温度可以保持不变，并在蒸馏期间保持在一定范围内。
分子蒸馏器的性能特点：
1、根据用户材料的特点进行非标设计。
2、蒸发器可集成或分体式，设计满足高真空、高温和高分离效果的要求。
3、特殊结构设计，重型部件快速离开受热面，适用于高粘度材料和高沸点材料的处理和排放。
4、充分考虑设备拆卸、清洗和组装的方便性。
5、大角度内冷盘管或管式内冷凝，无馏出物不能流出。
6、真空管倾斜3度，真空管内无材料堆积。
7、出口法兰与出口管隔离，法兰密封圈不接触材料。
8、当蒸发温度达到300度或更高时，密封圈应远离加热位置，以确保系统无泄漏。
9、顶进料方式：一次离心成膜和两次机械成膜后，获得更好的成膜效果，提高蒸发效率。
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