1、能有效去除热敏性物质中的轻分子物质
(1)产品物质的除臭姜油的除臭
(2)产品物质的脱溶——辣椒红色素的脱溶
(3)产品物质中单体的去除酚醛树脂中单体苯酚的去除
2、去除产品中的重物质和颜色
在精细化学品中，通常存在一些难以分离的重分子物质，甚至金属离子。分子蒸馏提供了一种有效的方法。
乳酸如芥酸、亚油酸、亚麻酸、二聚酸、芥酸酰胺、硬脂酸单甘油酯和高碳醇的精制和脱色也需要使用分子蒸馏技术。
3、减少热敏物质的热损伤
鱼油乙酯的脱色浓缩，与传统釜式蒸馏相比，可以清晰地看到分子蒸馏技术的优势：不仅产品收率高，而且产品质量好。绝大多数天然或合成香料和香料都是热敏物质，适合通过分子蒸馏技术进行纯化。
4、改进传统工艺，开展清洁生产
鱼油甘油三酯的纯化消除了传统的碱精制脱酸工艺，既避免了皂化液的环境污染，变废为宝，又提高了主要产品的质量。其他类似产品包括小麦胚芽油、米糠油、椰子油、大豆油脱酸等。对于回收废润滑油，去除重杂质的传统工艺是硫酸法，这对环境非常有害，在发达国家已被禁止。然而，分子蒸馏技术可以防止污染，将废物变为财富。
5、优化产品合成工艺，提高产品质量
烷基聚糖苷精制。在烷基糖苷的合成过程中，过量的脂肪醇有利于合成反应，但直接影响产品纯度。分子蒸馏可有效脱醇，使合成过程中脂肪醇的使用可根据工艺需要确定，提高产品收率和质量。
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